Bernard Baert werd geboren op 4 oktober 1963 te Waregem. Hij groeide op in een muzikale familie (zijn vader was directeur van de muziekacademie), en zijn eerste opleiding kreeg hij aan de academie in zijn geboortestad. Aan het Koninklijk Conservatorium Van Gent, waar hij studeerde bij Louis Pas en Claude Coppens (piano), en Roland Coryn (compositie), behaalde hij eerste prijzen voor notenleer, piano, muziekgeschiedenis, geschreven en praktische harmonie, kamermuziek, contrapunt, fuga en compositie. Bovendien behaalde hij het hoger diploma en pedagogisch getuigschrift voor piano.